서울대 내부에서는 '올게 왔다'는 반응이다. 서창석 원장 취임 이후 불거진 각종 논란이 불을 지폈다는 이야기도 돈다. 앞서 서 원장의 병원장 임명 과정에 최순실씨가 개입한 정황이나 이에 대한 대가가 오간 것이 대표적이다. 비선의료의 핵심 인물로 지목되는 김영재 원장의 외래교수 채용 및 김 원장의 실을 서울대병원에 납품토록 하는 등 그간 서 원장을 둘러싸고 구설수가 끊이지 않았다. 

이밖에도 경찰의 과잉진압으로 끝내 사망에 이른 고 백남기 농민의 사인도 논란에 중심의 섰었다. 주치의 백선하 교수는 사인을 '병사'로 기재하며 서울대병원을 향한 국민적 지탄이 계속됐었다.