현재 국민건강보험 재정은 국가재정에 포함되지 않지만 건강보험 예상수입액의 14%는 국고, 6%는 건강증진기금에서 지원토록 하고 있다. 

문제는 정부의 지원금이 법에 정해진 만큼 투입되지 않고 있다는 점이다. 2014~2016년 자료에 따르면 건강보험료 실제수입액의 15.5%(일반회계12.2%, 건강증진기금 3.3%)를 지원하고 있어 사후정산의 필요성이 제기되고 있다.

국민건강보험에 대한 국고지원은 국민건강보험법, 국민건강증진법에 한시규정으로 돼 있는데 최근 국회에서 국민건강증진법 일부 개정으로 국민건강증진기금을 활용해 건강보험 재정을 지원토록 하는 조항의 유효기간을 2017년 12월31일까지에서 2022년 12월 31일까지로 5년 연장했다.

하지만 이 같은 일몰제 연장은 임시방편일 뿐 정부의 지원 기한을 폐지하고, 사후 정산해야 한다는 목소리가 높다.

국회예산정책처 ‘2017 미리보는 비용추계’에서는 국민건강보험의 정부지원 관련 발의 법안을 중심으로 건강보험 예상수입액의 14%를 지원하는 근거법률인 ‘국민건강보험법’의 개정만 고려해 정부의 지원기한 폐지 여부 및 사후정산 여부에 따라 3개의 시나리오별 비용을 분석했다.

우선 정부의 지원기한을 폐지하고 현행 지원비율(12.2%, 최근 3년간 평균 국고지원 비율)을 적용할 경우 5년간(2018년~2022년)간 36조5337억원(연평균 7조3067억원)이 재정이 필요한 것으로 나타났다. 연도별로는 ▲2018년 6조 4510억원 ▲2019년 6조 8545억원 ▲2020년 7조 2799억원 ▲2021년 7조 7333억원 ▲2022년 8조 2150억원 등이다.

특히 정부의 지원기간을 폐지하고 2년 후 사후정산(14%)이 진행될 경우는 39조6466의 비용이 필요한 것으로 나타나 약 3조원 이상의 정부지원금이 현재 건강보험재정에 미납되고 있는 것으로 분석됐다. 

사후 정산비용을 보면 2020년 9755억원, 2021년 1조365억원, 2022년 1조 1008억원 등 3조1129억원(연평균 1조376억원)이 더 지원돼야 한다. 여기에는 사실상 2년분이 빠져 있어 이를 더하면 5조원을 넘을 것으로 추산된다.

시나리오 3에서는 정부지원기한을 3년 연장하는 내용인데 이미 국고지원이 5년 연장된 상황에서 불필요했다.