법부처신약개발사업단(이하 사업단)은 2011년 9월9일부터 2015년 2월28일까지 국가연구개발사업인 1단계 범부처전주기신약개발사업(이하 신약개발사업)의 주관 연구기관으로 과학기술정보통신부(당시 미래창조과학부), 보건복지부, 산업통상자원부 등 3개 부처로부터 1110억원을 출연 받아 72건의 신약개발 연구과제를 수행하는 55개 연구기관에 출연금을 지원하고, 2015년 5월29일 신약개발사업 종료에 따른 출연금 집행잔액 등을 반납했다.

감사원 감사에 따르면 사업단은 2015년 2월28일 1단계 신약개발사업이 종료됨에 따라 같은해 5월29일 사업비 집행잔액을 정산보고하면서 신약개발사업비 이자수입에 대해 발생한 법인세 원천징수액 환급분 6059만5000원을 누락한 채 집행잔액이 195억1800만원인 것으로 보고한 결과, 1059만5000원이 반납되지 않았고, 2016년 5월31일 추가로 정산보고 하면서 앞서 한 정산보고 이후 추가로 발생한 신약개발사업비 이자수입 1억6364만2000원에 대해서도 보고 및 반납이 되지 않는 등 위 사업비 집행잔액 합계 2억2423만7000원이 반납되지 않고 있는 것으로 확인됐다.

이에 대해 사업단은 감사결과를 받아들이면서 신약개발사업비 중 반납이 이뤄지지 않은 부분은 추가 정산을 통해 신속히 반납하겠다는 의견을 제시했다.

이에 감사원은 감사결과 지적내용에 대해 2017년 9월18일 보건복지부에 7474만5000원을, 2017년 10월11일 과학기술정보통신부에 7474만5000원을, 2017년 10월20일 산업통상자원부에 7474만5000원을 반납함에 따라 시정이 완료됐으나 향후 유사사례 등 재발방지를 위해 그 내용을 통보했다. 

이와 함께 향후 국가연구개발사업비에서 발생한 이자수입 등을 정확히 보고·반납하지 않는 일이 없도록 정산업무를 철저히 하라고 ‘주의’ 처분을 내렸다.