의료기관의 의료법 위반여부를 관리·감독해야할 보건소가 오히려 본인부담금을 면제 혹은 할인해주거나 환자가 부담해야할 약제비 일부를 대납해주는 등의 불법을 저지르고 있다는 문제제기가 있었다. 

대한의원협회(이하 의원협)는 15일 보건소의 불법행위에 대한 민원을 보건복지부에 접수했다고 18일 밝혔다. 의료법 27조3항에서 본인부담금을 면제하거나 할인하는 행위 등 영리를 목적으로 환자를 의료기관이나 의료인에게 소개·알선·유인하는 행위 및 이를 사주하는 행위를 해서는 안 된다고 규정하고 있지만, 보건소는 버젓이 일련의 행위를 하고 있다는 것.

이와 관련 의원협은 “보건복지부는 수수료와 진료비는 복지부령으로 정하는 기준에 따라 해당 지방자치단체의 조례로 정한다는 지역보건법 25조를 인용해 보건소의 본인부담금 면제 또는 할인을 할 수 있다고 주장한다”면서 “경제적 사정은 전혀 고려하지 않고 무조건 본인부담금을 면제 또는 할인해주는 것은 의료법 27조3항 위반행위”라고 꼬집었다. 

이어 “솔선수범 해야 할 보건소가 오히려 본인부담금을 면제 또는 할인해 건강보험재정이나 의료급여 기금재정의 악화를 초래하고 일선 의원급 의료기관의 경영상 막대한 타격을 입히고 있다”면서 본인부담금 할인행위를 환자유인행위로 본 헌법재판소 판시(2016헌바311)를 근거로 복지부와 보건소의 행태를 비난했다.

심지어 2007년 서울시의사회가 보건소에서 이뤄지는 65세 이상 노인환자 본인부담금 면제행위와 만성질환자 처방패턴에 대한 관행을 문제 삼으며 규제개혁위원회에 질의해 “보건소 자체 조례에 의해 본인부담금을 면제해주는 제도는 의료법의 특정한 사정과 관련한 복지부 지침과 부합하지 않는다”라고 받은 응답을 제시하며 복지부의 입장을 물었다. 

이에 대해 복지부 건강증진과 관계자는 “일부 지자체 소속 보건소에서 65세 이상 고령환자들을 대상으로 복지차원에서 정해진 기준에 따라 본인부담금 등을 면제하거나 할인해주는 것으로 알고는 있다”면서 “무조건적이거나 일괄적이지는 않을 것”이라는 입장을 내비쳤다.